本片改编自真实事件，尼古拉斯·凯奇将饰演查尔斯·巴特勒·麦克沃伊上校，该舰于1945年7月在南太平洋被日本潜艇鱼雷击沉。全舰1196名官兵有大约300名随舰沉没，其余的在等待救援的时候面临着日晒、脱水、盐水浸蚀和鲨鱼攻击。

19年后，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）再次启程，旨在将埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中，归还圣物者将被赐予巨大力量。 　　在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前，这一切还只是传说。可奥克斯之后却不知何故丧失了心智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷酷女间谍艾瑞娜（Cate Blanchett饰）深深着迷于所谓的神秘力量，她胁迫琼斯一行人与其共同前往亚马逊流域，找寻失落的黄金城埃克托王国。 　　在秘鲁密林，琼斯等人和苏军展开酣畅淋漓的战斗，其间还伴随着沼泽、食人蚁、原始土著攻击等致