正义感十足的新人检察官冲野启一郎十分敬仰当初的导师最上毅。经过数年的历练，冲野终于如愿以偿调到东京地方检察厅刑警部，与成为最上麾下的一名得力干将。与此同时，橘沙穗也加入刑警部，成为冲野的事务官，但她真正的身份是卧底，其目的是获取检察官为了争取顶罪而使用非常乃至违法手段的铁证。不久后，一起夫妇谋杀事件将犯罪嫌疑人松仓重生带到冲野面前。松仓是23年前一起花季少女杀人案的嫌疑人，但因缺乏证据无法将其定罪，此案最终过了追诉期。愤恨不已的最上执拗地要将松仓绳之於法，为此他不惜授意冲野拼尽全力朝着预设的方向推进。人性

战争所带来的创伤和破坏，在东京仍然历历在目。在那里，一个青年从国外归来。这个后来被称为新十郎的青年，带着一个神秘的少年·因果。没有目标的新十郎，前去和东京检察厅的虎山泉接触。过去和现在交错在一起，在寻求真相的新十郎面前，有超越神的力量的“别天王”在阻拦。这是新十郎和因果的相遇开始，“败战侦探”最初的事件。