继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶实力士星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。

在大海上有一座小岛，人们都靠着岛上的资源生活。某天，豆瓣博士忽然失踪，科学怪咖“铁算盘”趁机利用“黑科技”制造机械怪掠夺资源，寻找无限能源，统治小石城。有一天豆瓣博士的儿子豆丁收到一个礼物——人工智能机器人巴布。巴布还带来了萌宝战警。豆丁组成了“超能宝贝”战队，肩负起保护小石城并寻找豆瓣博士的任务。

萌宝战警因一个恐龙蛋的到来开启了全新任务。古生物的复活引来了黑暗势力的争夺，在保护小恐龙的过程中，意外发现了其它恐龙蛋以及恐龙DNA的秘密。经改造，萌宝战警分别拥有了自己的机甲恐龙，危机时，与他们并肩作战。而想要夺取恐龙DNA，从而统治宇宙的反派也蠢蠢欲动，一场DNA存储卡的争夺愈演愈烈......