蓝精灵们一直在逃避邪恶巫师格格巫的追捕，笨笨误将大家带进了禁地石窟，由于当时是蓝月，所以大伙都被传送到了当今世界的纽约中央公园内。在这里他们一方面要赶在格格巫和阿兹猫（Azrael）找到他们之前回到自己的蘑菇村庄，另一方面只有三个苹果高的他们也要在纽约这座大苹果之城展开冒险。

格格巫(Gargamel)为了获得强大神奇的蓝精灵汤，制造了一些长相酷似蓝精灵但皮肤是灰色的“淘气精灵”(Naughties)，然而很快他就发现只有真正的蓝精灵才有用，而要想把这些淘气精灵变成真正的蓝精灵，需要一句只有蓝妹妹才知道的秘密咒语。格格巫绑架了蓝妹妹，把她带到了巴黎，因为他要在这里接受“世界上最伟大的魔法师”大奖。为了救回蓝妹妹，蓝爸爸(Papa)、笨笨(Clumsy)、厌厌(Grouchy)、靓靓(Vanity)再度出发来到人类世界，向他们的人类朋友帕特里克和格雷斯求助……